岩だらけで荒涼としたサウスダコタ州カドーカの国立公園でメインの撮影を始める頃には、マイケル・ベイ監督とスタッフは、セカンド・ユニットの実写部分とスペクタクル・シーンを、何千フィートものフィルムに既に撮り終えていた。 フロリダ州ケープカナヴェラルのケネディ宇宙センターでは、２回に渡ってスペース・シャトル打ち上げの様子が撮影された。まず第１回目はコロンビア号の打ち上げで、このときにカメラ・アングルとフィルム・スピードを決定。そして第２回目はアトランティス号の夜間打ち上げで、これが映画に必要なシーンを撮影できる唯一のチャンスとなった。「我々は、これをうまくカメラに収めなければ次のチャンスはないと分かっていた。そしてシャトルの打ち上げを見ながら行ったこの撮影は、今まででも最高に興奮した一時だった」と、撮影監督のジョン・シュワルツマンは語る。 『アルマゲドン』の特殊視覚効果は13の工房で制作されている。そして特殊視覚効果シークエンス全体のデザインは、パット・マックラング率いるVfx担当チームと、リチャード・フーバー率いるディズニー所属のドリーム・クエスト社が分担した。ドリーム・クエスト社が壮大な３Dの映像を担当する一方で、Vfx担当チームは精密に作られたミニチュアの撮影に専念した。両社とも１年間休むことなく作業を行い、遂に壮観な映像を完成させたのである。 『アルマゲドン』は、セットから微細な細工を施した衣裳に至るまで、本当に細部までこだわった作品となっているが、こだわるという点では、ロケも同様だった。キャストとスタッフはＮＡＳＡへ戻って、本物の背景が必要なシーンを撮影する。まずテキサス州ジョンソン宇宙センターでは、4日間で無重力環境訓練施設とエリントン離着陸場のシーンを含む撮影を行った。続くフロリダ州ケネディ宇宙センターでは、特別に立ち入り許可を与えられた最高の機密エリアを、10日間かけて撮影。その機密エリアには、司令／検査棟、スペース・シャトル組立工場、シャトル着陸場、移動式発射整備塔や発射台、シャトルがあった。 こうしてメインの撮影は1998年2月にクランクアップ。撮影開始からほぼ6カ月が経っていた。